Angesichts ihrer langen Geschichte als eine der ältesten Pfarrkirchen Gents weist die Kirche einen erheblichen kulturhistorischen Wert auf.

Aufgrund zahlreicher Katastrophen erlebte die Martinskirche mehrere Baukampagnen; diese Katastrophen waren das verheerende Feuer von 1123, der erste Bildersturm der Jahre 1567–68, bei dem Geusen die Innenausstattung weitgehend zerstörten, sowie die nahezu vollständige Zerstörung der Kirche während der Calvinistischen Republik Gent (1577–1584). Auch zwei schwere Stürme, welche die Kirche 1606 und 1613 treffen, behindern die Reparaturarbeiten. Zu Beginn des 17. Jahrhunderts kann dank der Unterstützung der Erzherzöge Albrecht und Isabella, die die Einnahmen aus einer Weinverkaufssteuer zur Verfügung stellen, der endgültige Wiederaufbau der Kirche beginnen.

Im Jahr 1354 führt ein Heiligblutwunder zur Errichtung einer Heilig-Blut-Kapelle und zur Gründung einer Bruderschaft, die jährlich eine Prozession an Fronleichnam abhält. Die Kapelle ist mittels des berühmten Kreuzwegs von Ekkergem mit der Kirche verbunden. Davon sind keine Spuren erhalten. Während der französischen Besatzung im Jahr 1797 werden der Kreuzweg und die Heilig-Blut-Kapelle endgültig abgerissen. Heute erinnert nur noch der Name der Heilig Bloedstraat daran.

Die Martinskirche wird erstmals in der „Charta des Lotharius“ von 967 erwähnt. Im letzten Viertel des 12. Jahrhunderts entsteht vermutlich unter dem Patronat der St.-Bavo-Abtei ein neues romanisches Gebetshaus, das über die beiden Filialkirchen Wondelgem und St. Michael bestimmt. Von dieser älteren romanischen Kirche sind noch heute die Säulen, das quadratische und das erste achteckige Turmsegment sowie Teile des Querschiffs erhalten, die alle aus Tournai-Stein bestehen.

Die romanische Kirche hatte wahrscheinlich die Form eines lateinischen Kreuzes und war wesentlich kleiner als die im 16. Jahrhundert erbaute gotische Hallenkirche mit drei Schiffen. 1625 wird der Grundstein für den neuen, aus vier Jochen bestehenden Chor von Erzherzogin Isabella zusammen mit Mgr. Antonius Triest, Bischof von Gent, gelegt. Der Chor mit der fünfeckigen Apsis, bekannt als Sakramentskapelle, wird 1645 vollendet. Im Jahr 1655 wird der Hochaltar von Bischof Triest geweiht. Erst 1685 werden die Gewölbe des Chores vollendet. Sowohl die im Südosten befindliche Tauf- oder Heiligbutkapelle als auch der nordöstliche Eckturm stammen aus dem 17. Jahrhundert. 1875 drohen die Steingewölbe des Mittelschiffs einzustürzen und werden deshalb durch die heutigen neugotischen Holz-„Spitztonnengewölbe“ ersetzt.

Zwischen 1903 und 1907 wird die Kirche unter der Leitung des Genter Architekten Modeste de Noyette (1847–1923) bis auf den Chor gründlich restauriert. Er lässt sich von den Lukas-Schulen inspirieren und setzt alles daran, die gotische Form des 16. Jahrhunderts wiederherzustellen. Das gegenwärtige südliche Eingangsportal mit dem St.-Martin-Relief über dem Eingang stammt aus dieser Zeit. 1975 führen die Architekten P. und E. De Vloed erneut Reparaturen durch.

Die heutige Kirche weist den Grundriss einer Hallenkirche mit drei identischen, fünfjochigen Schiffen, einem Vierungsturm und nicht auskragenden Querschiffen auf. Die letzte umfassende Restaurierung wird am Gemälde von Theodoor van Loon, der „Anbetung der Hirten“ von etwa 1601, vorgenommen, das im hinteren Teil der Kirche im Chorumgang hängt. Dieses Gemälde ist bis heute das einzige vollständig restaurierte Werk in der Kirche. 

Die Martinskirche zeichnet sich durch ihre schiefe Turmspitze aus, die auch als schiefer Turm von Ekkergem bekannt ist. Die daraus entstandenen Witze und Spötteleien wie „schuun scheef es uuk nie lelijk“ (schön schief ist auch nicht hässlich) sollen zum Selbstmord des Baumeisters geführt haben.

Zwischen 1502 und 1509 finden die bedeutendsten Umbauarbeiten statt, darunter die Turmerhöhung mit einem Segment aus Balegem-Stein. 1509 wird die Turmspitze schließlich mit Holz von zwei Bäumen der St-Bavo-Abtei vollendet, einem Geschenk des damaligen Abtes. Das durch die Westwinde getrocknete, aber zu feuchte Holz soll die Ursache für das Verziehen gewesen sein.

Weitere Gründe könnten die Lage des Gebäudes am Rand des früheren Verlaufs der Leie sein und die Fundamente, die sich unter dem damaligen Wasserspiegel befanden. Der Bau der Wälle um 1500 und ihr Abriss im Jahr 1846 könnten Bodensenkungen ausgelöst haben, die zum Schiefstand geführt haben.

Trotz erheblicher Anpassungen im neugotischen Stil sind in der barocken Innenausstattung der Kirche viele ihrer ursprünglichen Elemente erhalten geblieben.

So befinden sich in der Martinskirche zahlreiche Kunstwerke dieser beiden Kunstrichtungen.

Statue des Heiligen Fiacrus

Die Kirche besitzt eine schöne polychromierte Holzfigur des heiligen Fiacrus (670), die wahrscheinlich aus dem Benediktinerkloster von Grone Briel stammt, dem heutigen Krankenhaus AZ Sint-Lucas, wo 1616 eine Kirche dem heiligen Fiacrus gewidmet worden sein soll. Die Äbtissin jener Zeit bringt im Jahr 1661 ein Büchlein heraus: „Aenroepinghe tot den H. Friael“. An diesem Feiertag des Heiligen erhielten die Gläubigen einen 40-tägigen Ablass, wenn sie in der Kapelle des Heiligen für die Seelen im Fegefeuer beteten. Unter der französischen Besatzung wird das Kloster von Groene Briel aufgelöst.

Mitte des 19. Jahrhunderts findet die Statue des Heiligen Fiacrus ihren Platz in der Martinskirche. Vermutlich wird die Statue anschließend vom Bischof Msgr. J. Vandevelde zusammen mit dem Reliquienschrein dem Pfarrer der Martinskirche übergeben. Im 19. Jahrhundert ruft man in der Martinskirche den Heiligen an bei Rachitis, einer Kinderkrankheit mit Wachstumsstörungen, die durch einen Vitamin-E-Mangel aufgrund langer Arbeitstage in dunklen Textilfabriken und dem Leben in sonnenarmen Hinterhöfen verursacht wurde. Unweit der Martinskirche befinden sich verschiedene dieser Hinterhöfe.

Als Heilmittel tauchen die Menschen ein Hemd in geweihtes Wasser, oder sie nutzen geweihte Bänder oder Stoffstücke. Auch heilige Skapuliere werden an die Pilger verteilt. Die Statue in der Martinskirche stellt den Heiligen mit seinem charakteristischen Attribut, dem Spaten, dar. In seiner linken Hand hält er ein Buch. Der heilige Fiacrus (um 670), Thronfolger einer irischen Königsfamilie, begibt sich auf eine Mission zur Christianisierung nach Frankreich.

Einer Legende nach gewährt der Bischof von Meaux ihm ein Stück Land für eine Einsiedlerklause mit der Auflage, dass er in nur einer Nacht einen Graben darum herum ziehen muss, was ihm auf wundersame Weise gelingt, daher der Spaten. Zu seinen Füßen sind eine Krone und ein Zepter zu sehen. Um nicht in die Fußstapfen seines Vaters zu treten und sein bescheidenes Leben fortzusetzen, flehte der Fiacrus zu Gott, ihn an Lepra erkranken zu lassen. Das Gemälde in der Kirche, hinter der Statue, visualisiert diese Begebenheit. Deshalb gilt dieser Heilige auch als Schutzpatron der Dermatologen.

Portikus-Altar der Heiligen Barbara

Der Barbara-Altar ist ein barocker Säulenaltar aus Marmor-Imitation aus dem 17. Jahrhundert, der einst der Weinmessergilde gehörte. Die Aufgaben dieser Gilde umfassten die Kontrolle der Weinqualität sowie die Eichung der Fässer.

Dieser Altar wird links von einer Statue des Heiligen Martin, dem Schutzpatron der Kirche, und rechts von einer Statue des Heiligen Nikolaus von Myra flankiert.In der Mitte sehen wir das Gemälde „Das Martyrium der Heiligen Barbara“ (1700) des Malers Jan Van Cleef (1646–1716).Die Skulptur der Heiligen Barbara wurde vom Bildhauer Mathias Zens (1839–1921) geschaffen.

Im oberen Bereich erkennen wir Putten oder kleine Engelsfiguren, die für den Barockstil charakteristisch sind. Zwei biblische Reliefs lassen sich mit der Gilde in Verbindung bringen. Wir sehen zwei Träger mit einer Traube: eine Szene des Buchs (Num.13: 17-23) aus dem Alten Testament, wo Moses bei der Ankunft im Heiligen Land für jeden Stamm zwei Kundschafter entsendet, die mit einer Traube zurückkehren. Das zweite Relief zeigt zwei Schafe und strahlende Hostien. Ein Hinweis auf das Heilig-Blut-Wunder von Ekkergem aus dem Jahr 1354.

Der Weinmeistergilde ist hier aufgrund des von den Erzherzögen Albert und Isabella dem Kirchenrat am 1. November 1616 gewährten Rechts, eine Weinsteuer zu erheben, bekannt als die sogenannte „stuiverken ten tappe“, einer Steuer, die unmittelbar am Ausschankort erhoben wird. Die Einnahmen aus dieser Weinsteuer wurden nach dem Bildersturm für die Restaurierung der Kirche verwendet.

Chor und Hochaltar

1655 werden Hochaltar und Chor von Msgr. Antonius Triest in Anwesenheit von Erzherzogin Isabella geweiht. Der weitläufige dreischiffige Chor mit Barockdekor wird von Sandsteinsäulen getragen, die eine Spitzbogenarkade stützen. Die Seitenschiffe werden durch Spitzbogenfenster mit Glasfenstern erleuchtet.

Die zentrale Chorapsis samt Sakramentskapelle endet in einem barocken Hochaltar, der Gaspar de Craeyers (1584–1669) Meisterwerk „Die Auferstehung Christi“ (1640) präsentiert. Das Gemälde ist von einem barocken Portikus aus marmoriertem Holz mit vier anbetenden Engeln umrahmt. Links befindet sich eine Marmorstatue des Heiligen Petrus, rechts eine von König David, beide aus dem 17. Jahrhundert.

Beichtstühle Matthias Zens

Die vorwiegend neugotische Skulptur geht auf Matthias Zens (1838–1921) zurück, einen deutschen Künstler, der jedoch in Ekkergem lebte. Er orientiert sich an den architektonischen Eingriffen von Modeste de Noyette (1847–1923).

Er skulptiert die Beichtstühle mit insgesamt acht Figuren, die mit Buße und Beichte in Verbindung stehen. Die Täfelung rundherum und die Chorempore stammen ebenfalls von seiner Hand. Wir sehen den heiligen Franziskus in einer Mönchskutte; er hält einen Totenkopf als Symbol der Vergänglichkeit in seiner Hand und fordert die Menschheit dazu auf, sich auf das jenseitige Leben zu konzentrieren. Die Figur des „verlorenen Sohnes“ aus dem Gleichnis (Lk 15,11-32) erscheint bescheiden und in Lumpen gekleidet, als er sich seinem Vater nähert, der ihm zum Entsetzen seines Bruders vergibt. Maria Magdalena wird mit einem Salbgefäß in der Hand dargestellt, in der mittelalterlichen Ikonografie als Sünderin, die die Füße Jesu mit kostbarem Nardusöl salbt.

Der heilige Johannes Nepomuk, ein Prager Priester und Märtyrer aus Böhmen (1350–1393), wird mit einem Finger auf den Lippen abgebildet. Er war der Beichtvater von Königin Sophia von Bayern und wurde gefoltert, ermordet und in die Moldau geworfen, weil er das Beichtgeheimnis bewahren wollte, um sie vor ihrem eifersüchtigen Ehemann zu schützen. Aus diesem Grund wird er als Schutzpatron der Beichtväter und Priester verehrt. König David, der Psalmist, hält die Leier in der einen Hand und die Partitur des berühmten Psalms 51 „O Gott, sei mir gnädig“ in der anderen. Johannes der Täufer ist mit dem Lamm abgebildet.

Kreuzweg

Bis zur französischen Besatzung im Jahr 1796 existierte in Ekkergem eine Heilig-Blut-Kapelle, die durch den berühmten Kreuzweg mit seinen 18 Stationen (statt der üblichen 14) mit der Kirche verbunden war.

Der an der Ecke von Ekkergemstraat und Heilig Bloedstraatje gelegenen Kapelle liegt ein Wunder aus dem Jahr 1534 zugrunde. In der Nacht stehlen Diebe ein Ziborium mit geweihten Hostien aus der Kirche der Augustinerpater und vergraben die Hostien im abgelegenen Weiler Ekkergem. Einer der Diebe bekommt Gewissensbisse, kehrt um und entdeckt eine blutdurchtränkte Hostie in der Erde. Am folgenden Tag bemerkt ein Hirte, dass der Boden an dieser Stelle blutgetränkt ist, und er verbreitet die Kunde von dem Wunder.

Die Augustinerpater ziehen in einer Prozession zu der Stelle, nehmen das Allerheiligste mit Ehrfurcht vom Boden auf und tragen es in ihre Kirche, wo ab dem Zeitpunkt viele Wunder geschehen. Aus Dankbarkeit gründen sie eine Kapelle und eine Bruderschaft, die einen jährlichen Bittgang zwischen dem Augustinerkloster und der Heilig-Blut-Kapelle organisiert. Während des Bildersturms fällt der Kreuzweg den Zerstörungen zum Opfer, wird jedoch 1621 auf Initiative von Pater Zachmoorter mit Bildstöcken neu gestaltet.

Der Kreuzweg begann an der Heilig-Blut-Kapelle mit der ersten Station „Christus im Ölgarten“ und erstreckte sich über etwa 4 km, was der Länge entspricht, die Christus auf der Via Dolorosa zurückgelegt hat. Der Weg setzte sich fort zu den Befestigungsanlagen von Einde Were, dem Brügger Tor, und führte dann zurück zur Kapelle. Während der französischen Besatzung verschwand dieser Kreuzweg zusammen mit der Heilig-Blut-Kapelle für immer.

Daran erinnert der Kreuzweg in der Kirche, der ebenfalls 18 statt der üblichen 14 Stationen zählt. Die Gemälde, welche die einzelnen Stationen zeigen, wurden von den Arbeiten Rubens' beeinflusst, was bei der Kreuzabnahme deutlich sichtbar ist.

Kirchenfenster

In den Seitenchören und der Sakramentskapelle sind bunte Glasfenster von Gustaaf Landon aus den Jahren 1907 bis 1914 zu finden.

Im nördlichen Seitenchor befinden sich vier Glasfenster, die „Das letzte Abendmahl“, „Den Ölgarten“, „Den Kreuzweg“ und „Die Auferstehung“ darstellen.

Im Chor auf der Südseite sind zudem vier Glasfenster, die die Szenen „Anbetung der Hirten“, „Die Erziehung Jesu“, „Die Taufe Jesu im Jordan“ und „Die Hochzeit zu Kana“ abbilden.

In der Sakramentskapelle sind Glasfenster mit dem Thema Eucharistie zu sehen, links die Emmauspilger und rechts das Opfer des Melchisedech.

Baptisterium

Das südliche Querschiff führt zu einer einzigartigen Tauf- und Heilig-Grab-Kapelle im Barockstil aus dem Jahr 1646. Eine doppelte Treppe aus schwarzem Marmor führt in der siebten Seitenkapelle zum sechseckigen Baptisterium, das von zwei Spitzbogenfenstern und einer zentralen Laterne erhellt wird. Darunter befindet sich das Heilige Grab mit einer liegenden Jesus-Statue aus dem Jahr 1645.

An der linken Wand am Eingang der Kapelle ist ein schwarzes Marmorepitaph zu Ehren von Ludovicus Van Den Hecke angebracht. Die umgekehrte Fackel, die quer auf dem Epitaph angebracht ist, symbolisiert den Tod und verweist schon in der Antike auf das Ende des Lebens.

Laut schriftlichen Quellen soll sich auf der anderen Seite ein identisches Epitaph befunden haben, das dem am 18. Mai 1819 verstorbenen Johannes Baptista Ludovicus Cardon, Pfarrer von „St-Marten in Gend“, zu Ehren errichtet wurde.

Es verschwand jedoch und wurde 1931 durch einen von Oscar Zinia (1877–1956) geschaffenen Calvaire ersetzt, ein polychromes Kruzifix, das von den polychromen Figuren von Maria und Johannes flankiert wird. Oscar Zinia, ein Künstler aus Ekkergem, betrieb ab 1927 sein Atelier in der Pijlstraat in Ekkergem.